Vi sinh vật được sử dụng quan trọng trong việc xử lý nước thải. Các loại vi sinh vật này có khả năng phân hủy chất hữu cơ hữu cơ trong nước thải, biến chúng thành rượu và lượng nhỏ các hợp chất vô cơ. Việc này dẫn đến nước trơ cho môi trường. Ngành nghề này đ�